Андрей Васильевич Гайдамакин родился 2 октября 1935 года в деревне Малинино Куйбышевского района Новосибирской области в семье рабочих. После службы в армии в 1956 году поступил в Среднеазиатский государственный университет (город Ташкент), но вскоре перевелся на историко-филологический факультет Томского государственного университета, который закончил в 1961 году.
Работал в Омском сельскохозяйственном институте ассистентом, старшим преподавателем. Окончил аспирантуру Московского государственного университета и в 1970 году защитил кандидатскую диссертацию «Партийное руководство подготовкой и воспитанием специалистов сельского хозяйства в вузах и техникумах Российской Федерации в годы первой пятилетки (1928-1932) и продолжил деятельность в ОмСХИ в качестве доцента, с 1981 года заведовал кафедрой истории КПСС. С 1986 года работает в Омском государственном университете путей сообщения, где с 1989 по 2007 заведовал кафедрой, профессор с 1999 года. За эти годы кафедра значительно укрепила свой научно-педагогический потенциал как опытными преподавателями, защитившими диссертации, так и молодыми, успешно окончившими открытую при кафедре аспирантуру. С 2008 года Андрей Васильевич является председателем объединенного совета по защите докторских и кандидатских диссертаций по специальности «Теория и история культуры» при ОмГУПСе.
А. В. Гайдамакин разработал и осуществил крупный научный проект по проблеме «Формирование аграрной интеллигенции в Западной Сибири. 1927-1937», итогом этой работы стала публикация двух монографий и защита докторской диссертации (1998). Возглавляет исследования по социокультурной проблематике развития отечественного железнодорожного транспорта. Совместно с учениками реализовал научный проект «Социокультурные аспекты концепции отечественного железнодорожного транспорта: опыт формирования и реализации». В рамках проекта напечатаны десятки статей, защищено несколько кандидатских диссертаций.
Андрей Васильевич поддерживает постоянные научные связи с сектором истории культуры Института истории (СО РАН), кафедрой отечественной истории Новосибирского государственного университета, кафедрой современной отечественной истории Омского государственного университета. Область его научных интересов: история России, история партии. Основная проблематика исследований: формирование аграрной интеллигенции в 1920-30 года, проблемы взаимоотношений партийно-государственных структур с интеллигенцией. В результате проведенных исследований раскрыта система реализации политики ВКП(б) в данном направлении, показан дискриминационный характер отношений власти и интеллигенции.
Важное направление деятельности профессора Гайдамакина — организация методической работы со студентами: им написаны многие методические разработки, по его инициативе и при решающем участии создано первое пособие для студентов по истории железнодорожного транспорта России.
А. В. Гайдамакин неоднократно избирался депутатом Первомайского районного совета депутатов трудящихся города Омска. Награжден именными часами министра путей сообщения (1999), юбилейным нагрудным знаком «200 лет транспортному образованию России», Почетной грамотой начальника Западно-Сибирской железной дороги (2005), заслуженный работник высшей школы РФ (2001).