Аспирантура является основной формой подготовки научных и научно-педагогических кадров высшей квалификации.
С 1 февраля 1929 года аспирантом Сибирского технологического института утвержден В. В. Иванов. Приказом № 2 от 2 июля 1930 года по Сибирскому институту инженеров транспорта В. В. Иванов был назначен аспирантом локомотивной кафедры, т. е. был первым в этой должности в новом институте.
Снова аспирантура в ТЭМИИТе была открыта в 1939 году. Первые четыре аспиранта обучались по научной специальности «Паровозы, паровозное хозяйство» под руководством крупного ученого — профессора Н. И. Карташова, автора многотомного «Курса паровозов». В 1942 году аспирантура ТЭМИИТа по приказу Всесоюзного комитета высшей школы (ВКВШ) была закрыта и вновь возобновила работу в 1943. К 1960 году в аспирантуре ТЭМИИТа обучались 23 человека по очной и заочной формам по девяти научным специальностям под руководством известных ученых — профессоров П. А. Азбукина, М. Ф. Карасева, В. А. Шваба, Р. А. Воронова, доцентов Ю. Е. Неболюбова, Н. Ф. Котляренко.
Всего с 1939 по 1960 годы обучение прошли 54 человека. В начале 90-х количество аспирантов в нашем вузе резко уменьшилось: сказались новые тенденции в развитии экономики. В 1991 году в аспирантуру было зачислено пять человек.
В июне 2000 года в аспирантуре ОмГУПСа обучалось 67 человек, открыты 23 специальности научных работников. С каждым годом пропорционально количеству аспирантов возрастает количество защит диссертаций. Если с 1995 по 1998 год сотрудниками ОмГУПСа было защищено 11 кандидатских диссертаций, то только за 1999 год — 10.
Аспирантура готовит кадры и для других транспортных вузов страны, железных дорог Урала, Сибири и Дальнего Востока. Питомцы аспирантуры ОмГУПСа (ТЭМИИТа, ОмИИТа, ОмГАПС) работают сегодня в железнодорожных вузах Хабаровска, Читы, Иркутска, Алма-Аты, Ташкента, Самары, на Южно-Уральской, Западно-Сибирской, Восточно-Сибирской железных дорогах — филиалах ОАО «РЖД» и т. д.
В июле 2003 года ОмГУПС получил лицензию на право ведения образовательной деятельности по 22 специальностям научных работников; в 2004 году в аспирантуре обучались 115 аспирантов. За период 2002-2004 годы в среднем на 5 % ежегодно увеличивалось количество обучающихся в аспирантуре. В 2004 году количество защит кандидатских диссертаций по сравнению с 2002 годом возросло на 54 %.
Важной формой стимулирования работы аспирантов и докторантов были гранты, учреждаемые ежегодно МПС России. За период с 1998 по 2003 год сотрудникам и аспирантам ОмГУПСа было присуждено 12 докторских и 35 кандидатских грантов; успешно защищено 9 докторских и 30 кандидатских диссертаций.
В ноябре 2006 года университет получил лицензию на право ведения образовательной деятельности в системе послевузовского профессионального образования по 24 специальностям научных работников; в 2008 году в аспирантуре обучались 196 аспирантов.
В 2009 году университет лицензирован по новой специальности послевузовского профессионального образования: 05.11.13 — «Приборы и методы контроля природной среды, веществ, материалов и изделий». В соответствии с новой Номенклатурой специальностей научных работников, утвержденной приказом Минобрнауки России от 25.02.2009 № 59, в настоящее время аспиранты обучаются по 25 специальностям.
Докторантура является формой подготовки научных кадров высшей квалификации в ОмГУПСе, в рамках которой осуществляется подготовка диссертаций на соискание ученой степени доктора наук по специальностям: 2.9.3. Подвижной состав железных дорог, тяга поездов и электрификация (технические науки); 2.4.2. Электротехнические комплексы и системы (технические науки); 2.4.5. Энергетические системы и комплексы (технические науки).
С момента открытия докторантуры в 1992 году по настоящее время по специальности 2.9.3. Подвижной состав железных дорог, тяга поездов и электрификация (технические науки) вели подготовку диссертации четырнадцать человек, из которых девять защитили докторские диссертации.
Диссертационный совет 44.2.003.01, созданный на базе федерального государственного бюджетного образовательного учреждения высшего образования «Омский государственный университет путей сообщения», проводит защиты диссертаций на соискание ученой степени кандидата наук, на соискание ученой степени доктора наук по специальности 2.9.3. Подвижной состав железных дорог, тяга поездов и электрификация (технические науки).
Объединенный диссертационный совет 99.2.094.02, созданный на базе ОмГТУ и ОмГУПСа, проводит защиты диссертаций на соискание ученой степени кандидата наук, на соискание ученой степени доктора наук по специальности 2.4.2. Электротехнические комплексы и системы (технические науки).
Положение о научно-техническом совете
Подготовка кадров высшей квалификации осуществляется в соответствии с действующей лицензией на право ведения ОмГУПСом образовательной деятельности по следующим направлениям подготовки:
09.06.01 Информатика и вычислительная техника
(направленность — Математическое моделирование, численные методы и комплексы программ)
Кафедры, ведущие подготовку аспирантов: «Автоматика и системы управления», «Информационная безопасность».
11.06.01 Электроника, радиотехника и системы связи
(направленность — Системы, сети и устройства телекоммуникаций)
Кафедра, ведущая подготовку аспирантов: «Телекоммуникационные, радиотехнические системы и сети».
12.06.01 Фотоника, приборостроение, оптические и биотехнические системы и технологии
(направленность — Приборы и методы контроля природной среды, веществ, материалов и изделий)
Кафедра, ведущая подготовку аспирантов: «Теоретическая электротехника».
13.06.01 Электро- и теплотехника
(направленности — Электромеханика и электрические аппараты; Электротехнические комплексы и системы; Промышленная теплоэнергетика)
Кафедры, ведущие подготовку аспирантов: «Электрические машины и общая электротехника», «Подвижной состав электрических железных дорог», «Теплоэнергетика».
23.06.01 Техника и технологии наземного транспорта
(направленность — Подвижной состав железных дорог, тяга поездов и электрификация)
Кафедры, ведущие подготовку аспирантов: «Электрические машины и общая электротехника», «Подвижной состав электрических железных дорог», «Электроснабжение железнодорожного транспорта», «Технология транспортного машиностроения и ремонта подвижного состава», «Локомотивы», «Теоретическая и прикладная механика».
27.06.01 Управление в технических системах
(направленность — Системный анализ, управление и обработка информации)
Кафедры, ведущие подготовку аспирантов: «Автоматика и системы управления», «Телекоммуникационные, радиотехнические системы и сети».
38.06.01 Экономика
(направленности — Экономика и управление народным хозяйством (менеджмент), Бухгалтерский учет, статистика, Финансы, денежное обращение и кредит)
Кафедры, ведущие подготовку аспирантов: «Экономическая безопасность и управление финансами», «Менеджмент, маркетинг и коммерция».
51.06.01 Культурология
(направленность — Теория и история культуры)
Кафедры, ведущие подготовку аспирантов: «История, философия и культурология», «Связи с общественностью, сервис и туризм».