Анатолий Васильевич Бородин родился в Москве 6 августа 1939 года в семье рабочего. В 1941 году они были эвакуированы в Омск. После окончания школы (1956 г.) поступил в Омский машиностроительный институт по специальности «Технология машиностроения, станки и инструменты». С 1961 по 1968 годы работал в инструментальном производстве технологом, конструктором.
С 1968 по 1994 год А. В. Бородин — ведущий конструктор, начальник конструкторского бюро, ведущий научный сотрудник в НПО «Сибкриотехника». В 1982 году защитил диссертацию на соискание учёной степени кандидата технических наук в Курганском машиностроительном институте на тему «Разработка и исследование щелевого уплотнения поршня малогабаритных машин, работающих без смазки цилиндра». В 1992 году защитил в Новосибирском электротехническом институте докторскую диссертацию. В 1993 году присвоено учёное звание профессора по специальности «Динамика, прочность машин, приборов и аппаратуры».
В 1994 году Анатолия Васильевича пригласили в ОмГУПС на должность заведующего кафедрой «Теория механизмов и детали машин». Основная преподаваемая дисциплина — «Детали машин и основы конструирования».
Научные исследования профессора А. В. Бородина в области железнодорожного транспорта посвящены совершенствованию трибосистемы «колесо — рельс»: повышению работоспособности бандажей колёсных пар локомотивов и грузовых вагонов, смазыванию гребней колес подвижного состава, повышению несущей способности и ресурса моторно-осевых и буксовых подшипников, совершенствованию стыковых соединений рельсов и ряду других перспективных направлений.
Анатолий Васильевич является автором около 500 научных публикаций, в т. ч. 160 изобретений, под его руководством подготовлены и защищены пятнадцать кандидатских диссертаций, две диссертации на соискание ученой степени доктора технических наук.
Анатолий Васильевич является действительным членом Петровской академии наук и искусств. С 1988 года носит звание «Лучший изобретатель железнодорожного транспорта». В 1994 году указом Президента РФ А. В. Бородину присвоено почётное звание «Заслуженный изобретатель Российской Федерации», с 2000 года — «Эксперт технической сферы».
А. В. Бородин — член докторского диссертационного совета при Омском государственном техническом университете.